Gemonio si trova geograficamente a 15 Km Nord-ovest da Varese, a 7 Km dal Lago Maggiore e a 5.5 Km dal lago di Varese all'imbocco della Valcuvia e ai piedi del versante nord-ovest del massiccio di Campo dei Fiori.
La zona è caratterizzata da un microclima prealpino, meglio identificato a livello regionale come mesoclima insubrico.Il suo clima è influenzato dalla presenza dei bacini lacustri, in particolare per quanto riguarda le precipitazioni che sono abbondanti in primavera e in autunno; precipitazioni che raggiungono e talvolta superano i 2000 mm. annuali.( con punte di 2500 mm. nelle annate molto piovose ).
La vicinanza dei laghi e delle Prealpi ne fa una zona con un microclima particolare e difficilmente prevedibile.
La vicinanza dei laghi ne mitiga il clima durante le giornate invernali, mentre durante le ore più fredde il clima è quello tipico della pianura, con ricaduta al suolo di umidità, che con valori sotto lo zero porta estese brinate, gelate, e nei periodi più freddi la galaverna.
La presenza di nebbie o banchi di nebbia è un fenomeno che riguarda solo sporadicamente la zona bassa di Gemonio, poichè pur trovandosi in una conca rimane vicino al Campo dei Fiori che consente sempre un buon rimescolamento d' aria. Le nebbie si formano generalmente 1 km più sud.
Una particolarità tipica di molte zone a ridosso della Alpi e delle Prealpi è la presenza dei venti stau e foehn.
Gemonio rimane particolarmente esposto al foehn, poiché si trova all'imbocco della Valcuvia, e ai piedi del Campo dei Fiori.
Il foehn è il vento di caduta dalle Alpi ( chiamato anche favonio dagli elvetici ).Soffia da nord con raffiche molto violente. Esso riesce a comprimere notevoli masse d'aria, ne aumenta la pressione e quindi ( essendo direttam.proporzionale: p*V=R*T ) anche la temperatura.
Il foehn è un vento fastidioso e secco che soffia con raffiche violente; è in grado di raggiungere in questa zona i 60/70 Km/h e talvolta di sfiorare i 100Km/h.Le Alpi fanno da barriera; intercettano le perturbazioni nord occidentali, ne catturano l'umidità e tramite una compressione adiabatica generano l'effetto foehn.
Il secondo ( lo stau ) è una leggera brezza che qui soffia da SW. Esso non "comprime" masse d'aria ma le espande. A differenza del foehn che innalza la temperatura, lo stau le abbassa e porta con sé l'aria umida dalla pianura e aria fredda durante l'inverno.
In condizioni " normali" lo stau soffia sempre nel pomeriggio e la brezza da nord durante la notte.
Il vento più freddo che interessa queste zone è il Grecale che soffia da NE ed è incanalato tra la Valcuvia ed il versante nord del Campo dei Fiori.Gemonio è investito solo raramente da questo vento, perché protetta dal Campo dei Fiori. L'inverno è tendenzialmente una stagione secca e le nevicate sono meno abbondanti del passato; nevicate che solitamente fanno cadere al suolo pochi cm di neve ( ben diversa è la situazione della vicinissima Valcuvia !! ).
Nella stagione estiva, durante le ore più calde il clima è afoso, ma già dalle prime ore serali si fa sentire una leggera brezza di monte che rinfresca l'aria.( la brezza giunge incanalata da N / NE tra la Valcuvia ed il Campo dei Fiori alle h 22:00 ca.).